日本航空一架由北海道札幌新千歲機場出發的JL516客機，於當地周二(2日)傍晚降落東京羽田機場時，與跑道上的海上保安廳定翼機發生相撞，繼而爆炸起火。日航客機上有367名乘客及12名機組人員，全部安全逃生，當中有至少17人受傷；遇事的海上保安廳龐巴迪DHC8-300飛機，駐扎在羽田空軍基地，當時正準備前往新潟，向能登半島強震災區運送物資，機上有6人，只有機長逃生，但身受重傷。入境處表示截至周二晚上8時，共接獲10名乘搭上述客機的港人求助，並確認他們正身在安全地方。日媒報道指，東京警視廳周三(3日)將開始以「業務過失致死」方向進行調查，並於東京空港警察署設立搜查本部。
擦撞事故發生後，東京消防當局出動70多架消防車及其他緊急車輛場灌救。但火勢猛烈，不斷蔓延，並傳出爆炸聲，愈燒愈烈，整個機身陷入火海，冒出熊熊火光及濃濃黑煙，一側機翼燒到焦黑，部份機身燒至支架外露，大火焚燒兩個多小時，火勢才逐步減弱。
入境處發言人指，當局獲悉事件後，已即時透過外交部駐港特派員公署、中國駐日本大使館、相關決策局、香港駐東京經貿辦、旅遊業監管局、旅遊業議會及相關航空公司了解情況；入境處會將求助個案轉介大使館，提供一切可行協助。
機管局指，香港國際機場今日至少有5班往返羽田機場的航班受影響，呼籲今明兩日來往羽田機場的旅客留意航空公司相關公布，並先向航空公司確認航班才出發前往香港國際機場。
據日媒《NHK》報道，東京警視廳指出，該事件因涉及「業務過失致死」造成人員傷亡，昨日已立即對事件的詳細情況進行調查，並決定於今日在東京機場警察署設立調查本部，透過視察現場，訪問相關人員等方式進行調查。
日本國土交通省周三上午表示，具體事故原因仍在釐清，但是根據塔台的對話紀錄，日航飛機確實取得降落許可進入跑道，日航機長與塔台管制員皆複述指令；而海上保安廳的飛機則是按照塔台要求在跑道旁待命。
日本海上保安廳副局長則表示，「向所有因為這次事故造成影響的人員致歉，祈禱死者靈魂安息，向所有遇難者家屬表示誠摯哀悼」，並透露機長意識清醒，機長稱飛機在跑道上爆炸，他逃了出來，海上保安廳將與相關部門合作調查事故原因。
